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Maladies auto-immunes : le rôle de la génétique



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Les maladies auto-immunes, comme la polyarthrite rhumatoïde, le lupus, la sclérose en plaques ou la thyroïdite de Hashimoto, touchent 5 à 10 % de la population mondiale. Elles se classent ainsi comme étant la 3e cause de maladie après le cancer et les maladies cardiovasculaires.


Elles se caractérisent par un dérèglement du système immunitaire, qui au lieu de protéger l’organisme, se met à attaquer ses propres cellules. Ce processus peut entraîner inflammation, douleurs chroniques et troubles des organes atteints, entre autres.


Ces pathologies résultent d’une interaction complexe entre plusieurs facteurs. On distingue d’une part, les dénominateurs communs (prédispositions génétiques, surcharge toxique, hyperperméabilité intestinale…) et d’autre part, les éléments déclencheurs (infections, stress chronique, hygiène de vie…). Cet article explore le rôle de la génétique dans l’apparition et l’évolution des maladies auto-immunes. 



Prédispositions génétiques : quand nos gènes ouvrent la voie aux maladies auto-immunes


Nos gènes agissent comme un manuel d’instructions pour le corps. Ils dictent le fonctionnement de nos organes, comme les poumons ou les yeux, mais ils influencent aussi notre susceptibilité à certaines pathologies : maladies auto-immunes, diabète ou encore allergies. L’ADN peut être vu comme une bibliothèque d’informations expliquant comment chaque cellule doit fonctionner.

Chaque cellule possède une copie de ce « guide ». Elle y trouve la marche à suivre : quel rôle remplir, quels outils utiliser, ou encore quand rester inactive. C’est ce qu’on appelle l’expression génétique.

Cependant, il arrive parfois que ce manuel contienne de petites variations, comparables à des fautes de frappe. Ces différences, appelées variations ou mutations génétiques, se produisent au niveau de certains nucléotides, plus connus sous le nom de SNP (Single Nucleotide Polymorphism) (Maud Tusseau et Alexandre Belot, 2024). Ces changements peuvent modifier la façon dont un gène s’exprime, et donc influencer notre santé.

À chaque instant, des milliards de réactions biochimiques se produisent dans nos cellules. Elles nécessitent des nutriments (glucides, lipides, protéines), des vitamines, des minéraux et surtout des enzymes pour que tout fonctionne correctement. Ces réactions s’enchaînent et s’influencent mutuellement, un peu comme les maillons d’une chaîne.

Lorsqu’apparaissent des variations génétiques (SNPs), ce processus peut être perturbé. Le corps a alors plus de difficultés à réguler certaines réactions, ce qui déclenche un cercle vicieux : inflammation chronique, dérèglements cellulaires et, parfois, apparition de symptômes de maladies. Voici quelques exemples de mutations génétiques pouvant majorer le risque de développer certaines maladies auto-immunes.

  • Une mutation du gène PTPN22 est associée à un risque accru de maladies auto-immunes comme le diabète de type 1, le vitiligo ou la maladie de Basedow (Juliane Houcken et al., 2018).


  • De même, une variation du gène HLA-B est liée à des affections comme le psoriasis, la maladie de Crohn ou la spondylarthrite ankylosante. Une méta-analyse montre que l’allèle HLA-DRB1*1602 est lié à un risque accru de lupus systémique, de myasthénie, de maladie de Graves, etc., notamment dans les maladies où les auto-anticorps jouent un rôle dominant (Yan Chen, et al., 2020).


  • Le gène IL2RA (interleukin-2 receptor alpha)  codant une sous-unité du récepteur de l’interleukine-2 est associé au diabète de type 1, à la sclérose en plaques, et à d’autres auto-immunités. Par exemple, chez des patients Émiratis, des variantes dans IL2RA, PTPN22 et CTLA4 montrent un risque accru de T1D (Charu Sharma, et al. 2021). 


  • Des mutations du gène UNC93B1 peuvent provoquer certaines formes rares de lupus.


  • Des variations dans le gène RasGRP1 sont associées à des troubles auto-immuns, car elles perturbent la régulation du système immunitaire.


La génétique joue donc un rôle majeur dans la prédisposition aux maladies auto-immunes. Elle explique pourquoi certaines familles semblent plus touchées que d’autres. Mais attention : posséder ces variations génétiques n'implique pas nécessairement le déclenchement de la maladie. Pour qu’elle se manifeste, d’autres facteurs doivent intervenir — environnement, mode de vie, stress, infections… C’est souvent l’association de ces éléments qui allume l’« interrupteur » et fait basculer le système immunitaire.



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Stress, infections, toxines… ces éléments extérieurs qui déclenchent l’auto-immunité


Nos gènes ne sont pas les seuls à influencer le développement des maladies auto-immunes. L’environnement dans lequel nous vivons et les expériences que nous traversons jouent aussi un rôle clé à travers un mécanisme appelé épigénétique.  Les recherches indiquent que la génétique représente environ 30 % du risque, tandis que 70 % sont liés à des facteurs environnementaux (Manoj Kumar, et al., 2025 ).

L’épigénétique correspond à l’ensemble des modifications durables qui affectent l’expression de nos gènes, sans altérer directement le code de l’ADN. Autrement dit, ce n’est pas seulement ce qui est écrit dans nos gènes qui compte, mais aussi la manière dont ils s’expriment — et cette expression peut être influencée par nos habitudes de vie, notre alimentation, nos émotions ou encore les substances auxquelles nous sommes exposés.


Ces facteurs extérieurs englobent donc ce que nous mangeons, buvons, respirons, la qualité de notre sommeil, notre niveau de stress, ainsi que la façon dont nous interagissons avec notre entourage. Parmi eux, ceux qui ont le plus d’impact dans le déclenchement ou l’aggravation des maladies auto-immunes sont :

  • les infections,

  • les toxines de l’environnement,

  • une alimentation inflammatoire,

  • et le stress chronique (y compris des événements traumatiques).




Le protocole AIP : limiter l’impact de l’environnement sur l’auto-immunité


Mieux comprendre les liens entre génétique et auto-immunité ouvre la voie à une prise en charge plus personnalisée.  La génétique nous fournit une sorte de carte de “risque potentiel” : certaines variantes génétiques peuvent prédisposer à l’apparition de maladies auto-immunes.

Destiné à accompagner les personnes souffrant de maladies auto-immunes, le protocole AIP a pour but de réduire l’inflammation et les carences nutritionnelles, de rééquilibrer le microbiote intestinal et de restaurer la barrière intestinale. L’AIP repose sur des données scientifiques et s’articule autour de deux grands axes : la composante alimentaire et la composante mode de vie. 


Le pilier de l’alimentation se compose d’une phase d’élimination de certains aliments puis d’une phase de réintroduction progressive des aliments préalablement éliminés. Cette deuxième phase permet de tester les seuils de tolérance de la personne concernée et d’identifier les aliments ou les composantes alimentaires qui provoquent une réaction inflammatoire ou symptomatique. C’est une forme de “phénotypage” personnel : deux personnes avec la même variante génétique peuvent tolérer très différemment certains aliments.


Le protocole AIP permet aussi d’agir sur certains facteurs environnementaux pouvant initier le déclenchement de ces maladies. En effet, ce dernier met l’accent sur les éléments suivants : 

  • la gestion du stress,

  • la qualité du sommeil,

  • la qualité de l’alimentation,

  • la réduction des toxines environnementales,

  • la connexion à soi-même, aux autres et à la nature



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Ainsi, si une personne a des variantes génétiques favorisant une réponse inflammatoire accrue, le protocole AIP cherche à réduire les facteurs aggravants tels qu’une alimentation pro-inflammatoire, des perturbateurs internes (toxines, dysbiose), le stress chronique…

En d’autres termes, le protocole AIP réduit la “pression environnementale” sur le système immunitaire pour diminuer le déclenchement d’une réaction auto-immune.



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À retenir


En résumé, la génétique joue un rôle majeur dans la prédisposition aux maladies auto-immunes, mais elle n’explique pas à elle seule leur apparition. C’est l’interaction entre l’héritage génétique et des facteurs environnementaux – infections, alimentation, stress, microbiote – qui détermine si la maladie se déclare ou non. Mieux comprendre ces mécanismes permet d’ouvrir la voie à des diagnostics plus précoces et à des stratégies thérapeutiques personnalisées.


Dans ce cadre, des approches comme le protocole AIP (Autoimmune Protocol), qui combine ajustements alimentaires et hygiène de vie, visent à réduire l’inflammation et soutenir l’équilibre immunitaire. Sans agir sur les gènes eux-mêmes, elles offrent une piste complémentaire intéressante pour améliorer le quotidien des patients, en complément du suivi médical.




Sources



Hemminki K, Li X, Sundquist J, Sundquist K. The epidemiology of autoimmune diseases in twins. Autoimmun Rev. 2010;9(6):A351–A357. doi:10.1016/j.autrev.2009.11.024



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Article rédigé par : Anne-Claire Dumont, Rédactrice BEAI & Naturopathe



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